Katalikų bažnyčia Lietuvoje sovietiniu laikotarpiu išgyveno vieną iš sunkiausių savo etapų. Kartu su okupacinės valdžios atėjimu prasidėjo religinių pastatų konfiskavimas, dvasininkijos persekiojimas, religinės spaudos draudimas bei daugelis kitų represinių veiksmų, siekusių iš visuomeninio gyvenimo išstumti katalikų religiją. Šiam istorijos etapui priklauso ir Klaipėdos Marijos Taikos Karalienės bažnyčios kūrimosi, raidos ir atgavimo unikali istorija. Tai vienintelė Lietuvoje ir Baltijos šalyse sovietmečiu pastatyta bažnyčia.
Kadangi Antrasis pasaulinis karas sunaikino beveik visus Klaipėdos ikikarinius maldos namus, jų neteko ir miesto katalikai. 1945 m. gegužės mėnesį pasirašytu Telšių vyskupo prašymu jau tų pačių metų pabaigoje katalikams buvo atiduota Irvingerių – Apaštalų Bažnyčia, esanti Jūros aikštės ir Bokštų skersgatvio kampe. Tai buvusi vokiečių senkatalikų „Katolische Apostolische Gemeindekirche“ bažnyčia.
Kadangi nuo 6-jo dešimtmečio Klaipėdoje ėmė daugėti lietuvių, vieninteliai katalikų maldos namai nebesutalpindavo visų norinčiųjų dalyvauti šv. Mišiose. Pagaliau, prasidėjus N. Chruščiovo „atlydžio“ laikotarpiui, 1956 m. buvo duotas leidimas statyti naują bažnyčią. Tuometinis vikaras Bronislovas Burneikis prašė, kad tam tikslui būtų atiduoti liuteronų Šv. Jokūbo bažnyčios griuvėsiai. Tačiau liuteronų konsistorijos viršininkui nesutikus, Miesto komiteto sprendimu Klaipėdos katalikų bendruomenei buvo perduotas užmiestyje, Rumpiškės gatvėje, esantis 1 ha pelkėtas žemės plotas.
Tikinčiųjų surinktos nemažos aukos bei savanoriškas darbas lėmė sparčią statybų eigą. Pirmiausiai reikėjo užpilti pelkėtas vietoves. Taigi klaipėdiečiai per kelias savaites pelkę užpylė, sunkvežimiais veždami žemes ir griuvėsių atliekas. Užpylus pelkes, prasidėjo statybos darbai. Bažnyčia buvo statoma pagal architekto Juozo Baltrėno projektą. Numatyta klasikiniais elementais dekoruota modernaus stiliaus trinavė bažnyčia su 70 metrų aukščio bokštu.
1957 m. birželio 30 d. surengtos didelės bažnyčios kertinio akmens pašventinimo iškilmės. Tuomet buvo paskelbtas bažnyčios statymo aktas. Šių iškilmių metu jauniesiems katalikams suteiktas Sutvirtinimo sakramentas.
Po šios iškilmingos dienos prasidėjo intensyvūs statymo darbai. Statomos bažnyčios ūkvedžiu buvo paskirtas A. Stonys. Kun. Bronislovas Burneikis prižiūrėjo statybą ir jos eigą, taip pat ieškojo statybinių medžiagų. Statybai vadovavo ir finansinę apskaitą vedė klebonas kun. L. Povilionis, o kunigai V. Rašimas ir B. Talaišis važinėjo po Lietuvą, rinkdami aukas bažnyčios statybai. Aukojo ne tik Lietuvoje, bet ir Amerikoje gyvenantys žmonės. Per tris metus tikintieji už suaukotas lėšas pastatė 63 metrų ilgio ir 25 metrų pločio bažnyčią, talpinusią apie 3 tūkstančius žmonių. Pastatas iš lauko pusės buvo padengtas granitiniu tinku, jo priekį puošė 2,8 m. aukščio Marijos Taikos Karalienės statula. Maldos namų altoriai buvo pagaminti iš marmuro plokščių, didžiajame altoriuje – Marijos Taikos Karalienės freska, kurią sukūrė žymus to meto dailininkas Antanas Kmieliauskas. Šoniniuose altoriuose pastatytos Šv. Jėzaus Širdies ir Šv. Juozapo darbininko statulos. Taigi 1960 m. vasarą statymo darbai buvo užbaigti, o per Žolinę numatytos bažnyčios šventinimo iškilmės, tačiau tikinčiųjų viltims nebuvo lemta išsipildyti: Marijos Taikos Karalienės bažnyčios taip ir nebuvo leista atidaryti.
Dar statybos darbams artėjant į pabaigą, nuo 1959 m. prasidėjo statymo trukdymai. SSRS Religinių Kultų Reikalų Tarybos vadovybė sugriežtino savo požiūrį. Buvo ieškoma priežasčių uždrausti bažnyčios atidarymą. Pats SSKP CK Generalinis Sekretorius N. Chruščiovas, anksčiau propagavęs „atšilimo“ politiką, buvo prieš naujos bažnyčios statybą Klaipėdoje. Šiuo klausimu sušauktame LKP CK biuro posėdyje dar buvo siūlymų atidaryti naująjį pastatą, tačiau lemiamą žodį turėjo A. Sniečkus. Šis žmogus buvo priešiškas katalikų vykdomai veiklai Lietuvoje, dėl to derėjo tikėtis nepalankaus jo sprendimo.
Taigi 1961 metų pradžioje tapo aišku, kad Klaipėdos Marijos Taikos Karalienės bažnyčia taip ir liks neatidaryta. Pretekstu ją atimti tapo valdžios organizuotas statytojų teismas. Bažnyčios statytojai buvo apkaltinti kyšininkavimu, spekuliavimu statybinėmis medžiagomis, valstybinių lėšų grobstymu, piktnaudžiavimu tarnybine padėtimi, spekuliavimu valiuta ir pripažinti kaltais. Didžiausią bausmę gavo buvęs jos klebonas kun. L. Povilionis (8 metai laisvės atėmimo, konfiskuojant turtą). Kun. B. Burneikis buvo nuteistas 6 metams.
Nepaisant tikinčiųjų prieštaravimų, 1962 m. prasidėjo bažnyčios griovimo darbai. Atimtas pastatas buvo aptvertas aukšta tvora, kuri turėjo saugoti šventovę nuo smalsuolių akių. Visi bažnyčios vidaus įrengimai buvo be gailesčio naikinami. Dekoracijos buvo užteptos derva, išgriauti įrengimai, centrinis altorius išdaužytas ir užtinkuotas, išardyti kiti altoriai, brangūs gipsiniai kryžiaus kelio bareljefai daužomi ir traiškomi po traktoriaus vikšrais, vėliau šios skeveldros buvo sumestos į purvą, sunaikinti visi puošybos elementai bei nugriauti bokštai. Tais pačiais metais šis pastatas buvo perduotas „Lietuvos SSR Liaudies Filharmonijai“. Jame įkurtas šios įstaigos filialas.
Taigi nuo 1960 m. iki 1988 m. dėl sovietų antibažnytinės politikos tikintieji negalėjo naudotis Marijos Taikos Karalienės bažnyčia, tačiau nuo 1979 m. pastebimi itin aktyvūs dvasininkijos ir tikinčiųjų veiksmai, siekiant bažnyčią susigrąžinti. Iš viso apie 20 kartų tikintieji kreipėsi į valdžios atstovus, prašydami jiems sugrąžinti maldos namus. Peticijos, prašymai buvo siunčiami į įvairias valdžios institucijas. Nuo 1981 m. katalikai juos pradėjo įteikinėti tiesiai valdžiai į rankas. Tam buvo suorganizuota dešimt kelionių į Maskvą. Pirmasis prašymas išsiųstas dar 1972 m., o paskutinis – 1987 m. pradžioje. Visi prašymai buvo pasirašinėjami ne tik Klaipėdos miesto, bet ir aplinkinių kraštų tikinčiųjų. Didžiausią parašų skaičių (148,149 parašai) pavyko surinkti 1979 m. liepos 1 d. Parašų rinkėjai tapo opozicinės veiklos dalyviais. Jie buvo persekiojami KGB struktūros. Tuos, kuriuos pavykdavo sugauti, valdžia tardydavo, o surinkti parašai iš jų būdavo atimami. Tokią valdžios politiką smerkė užsienio valstybių tikintieji. Jie taip pat siuntė peticijas Sovietų Sąjungos vadovybei. Aštuntojo dešimtmečio pradžioje sovietinė vyriausybė pažadėjo padėti Klaipėdos tikintiesiems. Tačiau tikinčiųjų netenkino pažadai pastatyti kitą bažnyčią ar praplėsti senąją, jie reikalavo sugrąžinti buvusius maldos namus. Nors pastangos iki tol buvo bevaisės, tačiau ne bereikšmės, nes tik politiniai pokyčiai lėmė religijos laisvę, o kartu ir bažnyčios grąžinimą katalikų bendruomenei.
Antra Klaipėdos miesto katalikų religinė bendruomenė buvo įregistruota 1988 m. liepos 20 d. Dar neatgauta bažnyčia jau turėjo ir savo kleboną. 1988 m. gegužės 31 d. kun. B. Burneikis Telšių vyskupo buvo paskirtas dar nesugrąžintos tikintiesiems Klaipėdos Marijos Taikos Karalienės bažnyčios klebonu ir dekanu. 1988 m. lapkričio 24 d. filharmonija surengė paskutinį koncertą, o lapkričio 25 d. koncertų salė jau buvo paruošta tos dienos vakarinėms šv. Mišioms. Iškilmingas šv. Mišias aukojo Telšių vyskupas Antanas Vaičius kartu su Marijos Taikos Karalienės bažnyčios klebonu Bronislovu Burneikiu ir Klaipėdos dekanato kunigais.
Netrukus prasidėjo intensyvūs atstatymo darbai. Pusę milijono rublių atstatymui skyrė valstybė. Tačiau remontui reikėjo mažiausiai dviejų milijonų rublių, tad vėl buvo renkamos aukos. Didžiausią bažnyčios atkūrimo darbą nuveikė pats klebonas B. Burneikis. JAV jis surado mecenatus, lietuvius pranciškonus, kurie padovanojo Klaipėdos Marijos Taikos Karalienės bažnyčiai elektroninius vargonus, kainavusius daugiau nei 65 000 JAV dolerių. Parapijos gyventojai B. Burneikiui turėtų dėkoti ir už bažnyčios varpus, kuriuos jis pats ir nuliejo. Deja, visiškai pabaigti bažnyčios įrengimo darbus šiam atsidavusiam žmogui nebuvo lemta. Po sunkios ligos 1991 m. rugsėjo 10 d. jis mirė. Jo pradėtus darbus tęsė buvęs Mažeikių parapijos klebonas kun. Jonas Gedvila.
Klaipėdos Marijos Taikos Karalienės bažnyčios raidos istorija sudėtinga. Susidūrusi su stipriomis represinėmis jėgomis, realiai ji pradėjo funkcionuoti tik praėjus maždaug trisdešimčiai metų nuo pastatymo. Ir vis dėlto ne veltui bažnyčia buvo pradėta statyti, ne veltui buvo rengiami „žygiai“ jai gelbėti. Jau daugiau nei 30 metų bažnyčia kuria savo naują veiklos etapą. Neapvildama savo statytojų lūkesčių, ji tapo vienais gražiausių Klaipėdos miesto katalikų maldos namų.